عرض مشاركة واحدة
  #4  
قديم 10-20-2015, 12:06 AM
رافت ابراهيم رافت ابراهيم غير متواجد حالياً
عضو ذهبي
 
تاريخ التسجيل: Dec 2011
المشاركات: 520
افتراضي تحديد C / D الجينات snoRNA-المتكررة tandemly في مطبوع البشري 14q32 مجال تذكرنا تلك في برادر ويلي / Angelman المنطقة متلازمة

 

http://hmg.oxfordjournals.org/content/11/13/1527.full

https://translate.googleusercontent....mLu0am7Ryu4sZQ





A مجال مطبوع البشري في 14q32 يحتوي يومين أعرب المشترك، ومطبوع على أساس المعاملة بالمثل الجينات، DLK1 وGTL2، التي يتم التعبير عنها من الأليلات الموروثة من الأب وأمهات، على التوالي. لقد أظهرنا سابقا أن آخر مكان مطبوع، على الإنسان 15q11-Q13، يحتوي على عدد كبير من C المتكررة tandemly / D الجينات RNA نويي صغيرة (أو C / D snoRNAs) أعرب فقط من أليل الأب. نحن هنا تبين أن منطقة المصب من الجين GTL2 يتميز أيضا من قبل وحدة النسخ التي تغطي العديد من تكرار ترميز إنترون C / D الجينات snoRNA، ومعظمهم من مرتبة إلى قسمين صفائف جنبا إلى جنب من 31 و 9 نسخ. يثير الاهتمام والفضول، وهذه snoRNAs تحيد عن ذكر سابقا الريباسي أو snRNA أدلة مثيلة من قبل التعبير الأنسجة محددة، وبسبب عدم وجود التكامل لالريباسي أو snRNA ضمن تسلسلها. تحليل المنطقة orthologous في الماوس يظهر أن ذكرت سابقا أمهات وأعرب ريان الجينات، وتقع المصب من Gtl2 على القاصي 12 كروموسوم، بترميز لا يقل عن تسعة C / D snoRNAs. من خلال البحث المنهجي في القوارض، فإننا لا يمكن التعرف أخرى C / D الجينات snoRNA في هذا المجال. جميع snoRNAs التعرف على الماوس القاصي ال 12 هي الدماغ محددة، وأعرب فقط من أليل ورثت أمومي. مطبوع الإنسان وبالتالي أسهم 14q32 مجال ميزات الجينومية مشتركة مع مطبوع مواضع 15q11-Q13. هذا الرابط بين المتكررة tandemly C / D الجينات snoRNA ويطبع الجينومية يشير إلى وجود دور لهذه snoRNAs و / أو المضيف غير الترميز جينات الحمض النووي الريبي في تطور و / أو آلية عملية يطبع جينية.
مقدمة

مجموعة فرعية من الجينات الثدييات تخضع يطبع الجينومية، ظاهرة جينية الذي يحدد (يتم التعبير فقط أليل الموروثة من الأب أو من الأم) التعبير الجيني (أو القمع) وفقا لأصل الوالدين. وغالبا ما تتجمع الجينات مطبوع، وتوقع عدة شبكات التعبير الجيني التنظيمي للعمل في نفس مكان مطبوع، التي تنطوي على مثيلة أليل محددة، وتعديل لونين، الرنا العقاقير، والحدود لونين وكواتم الصوت (+1 - +4). ومع ذلك، إذا ميزات الجينومية مشتركة تمنح السيطرة جينية المحلية موجودة ضمن المجالات مطبوع، لم يتم تحديدها بعد.
ومن بين المجالات مطبوع درست بشكل مكثف هي عامل النمو 2 (IGF2) / H19 النطاق الذي يشبه الانسولين وPWS / AS المنطقة تشارك في بيكويث-فيدمان وبرادر ويلي / المتلازمات Angelman، على التوالي. يقع IGF2 / H19 المجال في موضع 11p15.5 البشري (الماوس كروموسوم 7F) وتمتلك اثنين وعلى أساس المعاملة بالمثل، أعرب المشارك الجينات مطبوع تقع 70 كيلو بايت بعيدا في نهاية واحدة من مجموعة كبيرة من الجينات مطبوع. في IGF2 / H19، وتوسط في الدية محددة التعبير الجيني عن طريق المنطقة ميثليته تفاضلي سلالة الجرثومية محددة (DMR) الواقعة بين IGF2 وH19 الذي يعمل كعنصر عازل على ربط CTCF، وهو بروتين ملزمة DNA حساسة للمثيلة ( +5 - +8). يتميز / Angelman المنطقة متلازمة الكروموسومات برادر ويلي في 15q11q13 الإنسان (الماوس كروموسوم 7C) من خلال كتلة أخرى الجينات التي تحتوي على العديد من الجينات التي أعرب عنها أبويا (وbicistronic موضع SNURF-SNRPN وMKRN3، NDN وMAGEL2 الجينات)، في حين أن اثنين من الجينات، UBE3A وATP10C، يتم التعبير عن أليل ورثت أمومي (9). ويتم تنسيق التعبير مطبوع ضمن هذا كبير (حوالي 2-3 ميغابايت) المجال عن طريق العنصر رابطة الدول المستقلة ثنائية -acting مشتملا على DMR ويقع المنبع من أعرب أبويا SNURF-SNRPN الجين (+10 - 13).
نحن وغيرنا أظهرت مؤخرا أن برادر ويلي / Angelman المنطقة متلازمة الكروموسومات ونظيرتها في الماوس أيضا ترميز متعددة، C المتكررة tandemly / صناديق D تحتوي على جينات الحمض النووي الريبي نويي صغيرة (أو C / D snoRNAs) أعرب فقط من كروموسوم الأب ( 14 - 17). C / D snoRNAs دليل تشكيل 2'- O methylations كل من الريباسي وU snRNAs من خلال الطباعة على الوجهين RNA محددة في كل موقع التعديل (18 - 20). ومع ذلك، فإن C / D snoRNAs في PWS تفتقر شريحة العقاقير الكنسي ضد الريباسي و / أو U snRNAs، مما يشير إلى أنها يمكن أن يكون لها وظائف أخرى أو تعديل الرنا الخلوية الأخرى مثل مرنا (14). بشكل ملحوظ، Runte وزملاؤه (21 أظهرت) مؤخرا أن جميع snoRNAs بشر PWS ترميز ومعالجة من واحدة وحدة النسخ أعرب أبويا. ويبدأ في IC والتداخل في UBE3A الجينات أعربت أمهات في اتجاه العقاقير. حذف PWS-IC على أليل الأب في نتائج الماوس في فقدان Ube3a التعبير العقاقير وتفعيل أليل Ube3a الأب (22). على الرغم من وجود آلية لونين-RNA مستقل قد يكون متورطا في هذه اللائحة، هذه الملاحظة تثير احتمال وجود دور لهذا المضيف الجينات snoRNA في إسكات الأب التعبير UBE3A الجين (+21 - 23).
في الواقع، هناك العديد من الأمثلة من مطبوع، الجينات المكودة للبروتين يتم ربط فعليا إلى الرنا غير الترميز واظهار نمط التعبير مطبوع على أساس المعاملة بالمثل. كتب من كروموسوم الوالدي آخر، أعربت هذه monoallelically، وكثيرا ما كتب غير الترميز الرنا كما الرنا العقاقير بالنسبة إلى المعنى، الجينات المكودة للبروتين: Igf2r / الهواء (24)، KVLQT / LIT1 (25)، UBE3A / UBE3A-AS (21، 23) وNesp / Nesp-AS (26). ويمكن أيضا مطبوع على أساس المعاملة بالمثل الرنا غير المكودة أن كتب في نفس الاتجاه كما الجين ترميز البروتين، كما هو موضح لكل من Igf2 / H19 وDlk1 / Gtl2 المجالات مطبوع (3). في معظم الحالات، تبقى وظيفة هذه الرنا التي ستنشأ، ولكن تشير الأدلة المتاحة إلى أن هذا معينة تنظيم الجينات بالنسبة لعناصر التحكم الإقليمية أمر حاسم في تنظيم اثنين من أزواج من الجينات مطبوع على أساس المعاملة بالمثل (3، 27 - 29).
مثل اثنين من مجموعات أفضل-تتميز الجينات مطبوع في الكروموسومات 11p15.5 و15q11q13 والبيانات الأخيرة تشير إلى أن المنطقة DLK1-GTL2 على الصبغي 14q32 / الماوس القاصي 12 قد يكون أيضا جزءا من كتلة أكبر من الجينات مطبوع. وإن كانت لا تزال قيد التحقيق، وقد درس تنظيم الجينات في هذا الموضع في الأغنام والإنسان، حيث اثنين من الجينات المصب GTL2، وهي PEG11 وMEG8، وقد وصفت ويظهر في الأغنام لعرض أليلية الأب محددة والأمهات محددة التعبير، على التوالي (30، 31). في الماوس، ريان، وهو غير المشفر RNA الدماغ محددة أعرب عن أليل الأمهات، كما تم تعيينها إلى هذه المنطقة، على الرغم من موقعها قريب دقيقة لGtl2 لم تحدد (32). تحليل الجينومي المقارن من المجالات مطبوع بين أو داخل الأنواع يمكن تحديد ملامح الجينومية الحفظ التي قد تكون مهمة وظيفيا في السيطرة يطبع (31، 33 - +36). باستخدام هذا النهج، وصفنا هنا تحديد المتكررة tandemly C / D snoRNA الجينات الموجودة في الإنسان 14q32 مكان، المتاخمة للمطبوع مجال DLK1 / GTL2. وإنترون ترميز معظم هذه ومعالجتها من تعيين وحدة النسخ معقدة إلى هذا الجين MEG8. وعلاوة على ذلك، حددنا أخرى المفترض C / D snoRNA الجينات في مواضع orthologous في القوارض. كل هذه C / D snoRNAs هي الدماغ محددة، وأعرب عن أليل الأمهات فقط. وهكذا، مطبوع الإنسان 14q32 سهم مجال ميزات الجينومية مشتركة مع برادر-فيلي / Angelman المنطقة متلازمة الكروموسومات (الشكل 1 A).

الشكل 1. تحديد المتكررة tandemly C / D snoRNA الجينات في الإنسان 14q32 موضع مطبوع. (A) ميزات يطبع الشائعة التي تم تحديدها في مواضع البشري ثلاثة مطبوع في 11p15.5، 14q32 و15q11q13. يتم إظهار موقف واتجاه النسخ من عدة جينات مطبوع في كل مكان الإنسان مطبوع بواسطة الساحات والسهام، على التوالي. يتم التعبير عن جينات زرقاء أبويا في حين يتم التعبير عن تلك الوردي من أليل الأمهات فقط. الوضع يطبع من المربعات البيضاء لا يزال يتم إيداعه الإنسان. وصفت الجينات C / D snoRNA في 14q32 وعلى 15q11q13 بواسطة أشرطة عمودية [نلاحظ أن HBII-13 (14) وHBII-436، HBII-437 وHBII-438A / B snoRNAs (21) غير مبين]، مع يجري وأشار عدد من الجينات snoRNA أدناه. يتم تمثيل العديد من المناطق مميثل تفاضلي تتميز في كل مواضع المجال من قبل الدوائر (شغل والمناطق مثيلة؛ المفتوحة والمناطق unmethylated). IC، يطبع المركز؛ حصيرة وبات، أمهات وأبويا ورثت الكروموسومات. يتم تمثيل تسلسل متكررة من A-نوع (22 نسخة) أو B من نوع (6 نسخ) في تكرار الكتلة (كتلة R) من خلال الأشكال البيضاوية مفتوحة وشغل على التوالي. تتميز منظمة الجينات هيكلية مشتركة بين ومحاصر هذه المكاني مطبوع. (B) C / D snoRNAs في الإنسان 14q32 وإنترون ترميز ومعالجة من نص واحد. التمثيل التخطيطي للمنطقة الجينومية تمتد المجموعات الثلاث للتسلسل المتكررة (مشتقة من AL117190 وAL132709 استنساخ). يشار إلى جينات C / D snoRNA بواسطة أشرطة عمودية [الأحمر، 14Q (0) snoRNA. البني، 14Q (I) snoRNAs. أخضر، 14Q (II) snoRNAs]، في حين الإكسونات الكشف عنها بواسطة الجينومية التكنولوجيات السليمة بيئيا مقارنة / أو التي تنبأ بها في تحليل سيليكون ويتم تمثيل مربعات سوداء أو بيضاء، على التوالي. الخطوط المنقطة وشغل تدل الأحداث الربط التي تم تحديدها من خلال تحليل التكنولوجيات السليمة بيئيا أو التجارب RT-PCR، على التوالي. مواقف النوكليوتيدات الإكسونات داخل AL117190:؛ (-134517؟) (138432-138562). (145574-145640). (146416-146610). (149709-149772). (152908-152998). (154149-؟)؛ ضمن AL132709 (عكس حبلا التكميلية): (5510-5582)؛ (7041-7109)؛ (12940-12993)؛ (14714-14827)؛ (16345-16430)؛ (17822-17898)؛ (19307-19392)؛ (21704-21780)؛ (23751-23814)؛ (25976-26062)؛ (27920-27979)؛ (28466-28538)؛ (29344-29414)؛ (30374-30436)؛ (31363-؟)؛ (32906-32986)؛ (33864-33948)؛ (34827-34891)؛ (37204-37285) (43295-43381)؛ (44257-44334)؛ (45587-45677)؛ (46581-46641)؛ (47590-47666)؛ (48401-48487)؛ (51206-51288)؛ (53068-53145)؛ (54353-54438)؛ (55008-55094)؛ (55897-55983)؛ (56547-56636)؛ (59519-59605)؛ (60516-60602)؛ (61446-61527)؛ (62403-62484)؛ (63290-63376)؛ (64597-64682)؛ (65561-65648)؛ (66486-66572)؛ (68636-68714)؛ (-89220؟)؛ (106288-106357). (-123635؟)؛ (123746-123858). (123948-124126). (130009-130211). (130544-؟)؛ (-148997؟)؛ (149384-؟)؛ (-150933؟)؛ (151301-؟). يشار إلى المواقف النوكليوتيدات الإكسونات توقع بخط مائل. رموز أخرى كما في (A). لا يتم رسم هذه الرسوم على نطاق كبير.

النتائج

البحث عن tandemly المتكررة C / D snoRNA الجينات في الإنسان 14q32

حددنا مؤخرا الفئران C / D snoRNA، RBII-36، المشفرة في جين فرقة البحث (37). تنظيم الجينات ونمط التعبير الأنسجة محددة من RBII-36 تشبه إلى حد كبير تلك من مطبوع C / D snoRNAs في الإنسان مواضع 15q11-13 / الماوس 7C (14، 38). وRBII-36 snoRNA خرائط الجينات ل6q31q32، وهو موضع هذا هو orthologous لكروموسوم الماوس البعيدة 12 والبشري 14q32، التي تؤوي جينات مطبوع. بين الجينات مطبوع الأكثر تتميز جيدا في هذا الموضع هي Dlk1، جين أعرب أبويا ترميز البروتين غشاء سطح الخلية الأسرة الشق دلتا، وGtl2 / Meg3، جين أعربت أمهات تقع 80 كيلو بايت المصب وتفتقر إلى الحفاظ القراءة المفتوحة إطارات (39، 40). لتحديد المتماثلات الإنسان المفترضة الجينات RBII-36 snoRNA، بحثنا في الإنسان 14q32 موضع مطبوع لوجود tandemly المباشر المتكررة C / D snoRNAs. ثلاث مجموعات تكرار المباشر (مجموعتين snoRNA الأول والثاني ومجموعة واحدة من يكرر المباشرة، مجموعة R) تم الكشف في BAC تتابعات AL132709 (الشكل 1 B). المجموعة الأولى (موقف النوكليوتيدات ~3700-24700) والمجموعة الثانية (موقف النوكليوتيدات ~28750-72260)، وتقع على بعد نحو 40 كيلو بايت المصب من PEG11 ويحتوي على 9 و 31 نسخ على التوالي من 70-75 طويلة NT المتعلقة snoRNA الشبيهة تسلسل (الشكل 2 A). نسخ من هذه المتتاليات snoRNA تشبه تحتوي على خاصية C / D '/ C' / D الزخارف (بهذا الترتيب)، وكذلك محطة 5'-3 'هيكل الجذعية اظهار تسلسل الحفاظ 5'-GGACC ... GGTCC-3 ". وعلى الرغم من التشابه العام المرتفع نسبيا من النسخ snoRNA الجينات داخل كل مجموعة، مساحات تسلسلها المنبع من أي مربع D أو مربع D 'المعرض عدد كبير من الخلافات النوكليوتيدات بين النسخ، كما يتضح للحصول على نسخ snoRNA ضمن المجموعة الأولى، ولا تمثل عناصر العقاقير المحتملة ضد الريباسي أو U snRNAs (الشكل 2 A). وعلاوة على ذلك، بالاتفاق مع فشلنا في كشف محددة RBII-36 المتماثلات في الإنسان (37)، فإن أيا من هذه المتتاليات يظهر التشابه مع الفئران RBII-36 snoRNA. وبالتالي تمثل هذه السلاسل البشرية رواية C / D الجينات snoRNA، ونقترح تسميتها 14Q (I) و14Q (II) للsnoRNAs المشفرة في المجموعتين الأولى والثانية، على التوالي. من خلال التركيز على تسلسل الحفظ بين الإنسان والأغنام MEG8، كنا قادرين على تحديد الثالث ترميز إنترون C / D snoRNA الجينات الحاضر كما نسخة واحدة وتسمى 14Q (0) نظرا لأنه لا ينتمي إلى كتلة (الشكل 1) . مرة أخرى، هذا C / D snoRNA، حفظا بين الإنسان والأغنام (الشكل 2 A)، لا تحتوي على أي عنصر العقاقير واضح ضد rRNAs أو U snRNAs. أدى إلى مزيد من التحليل المصب من snoRNAs (موقف النوكليوتيدات ~102260-144600) في تحديد فئتين من ~80-100 يكرر المباشرة الإقليم الشمالي طويلة (22 و 6 نسخ من A- و B-نوع، على التوالي) التي لا تظهر snoRNA بصمات (الشكلان 1 و 2 B). كلها في اتجاه الرأس إلى الذيل، مع تباعد غير منتظم نسبيا بين A يكرر، في حين تتجمع خمسة من ستة يكرر B وفصلها عن بعضها البعض من خلال تسلسل 350-380 هل NT-طويلة. ومن المثير للاهتمام، واحدة من هذه التكرارات، A22، وجزءا لا يتجزأ من داخل جزيرة الدليل السياسي الشامل الحفظ في نهاية المجموعة R (الشكل 1 B).

الشكل 2. تسلسل محاذاة C البشري المتكررة / الجينات D snoRNA وألف ويكرر B. (A) تسلسل محاذاة بشر 14Q (I) و14Q (II) نسخ الجينات snoRNA ضمن المجموعتين الأولى والثانية على التوالي، و14Q (0) الجينات البشرية / الأغنام snoRNA. مواقف النوكليوتيدات الجينات snoRNA داخل BAC AL117190 [14Q (0)]. AL132709 [14Q (I) و14Q (II)] وAF354168 [الأغنام 14Q (0)] وترد بين قوسين. مربع C / C "ومربع D / D 'ومحاصر الزخارف وأشارت الجذعية محطة 5'-3" من قبل السهام في الاتجاه المعاكس. (B) تسلسل محاذاة A و B يكرر. وتظهر مواقف النوكليوتيدات من هذه التكرارات داخل AL132709 بين قوسين. وتدل الحفاظ على كل موقف النوكليوتيدات بواسطة التظليل وفقا لبرنامج GeneDoc: أسود (100٪)، والرمادي الداكن (80-99٪) والرمادي واضح (60-79٪).

وC / D snoRNAs وإنترون ترميز ومعالجة من غير الترميز RNA MEG8 البشري الأنسجة محددة

لمعرفة المزيد عن تنظيم الجينات snoRNA وطريقة التركيب الحيوي، تم تفتيش بنك الجينات للعلامات تسلسل أعرب (التكنولوجيات السليمة بيئيا) التي تغطي مجموعات الجينات snoRNA. حددنا عدة التكنولوجيات السليمة بيئيا الإنسان تقسم والإكسونات المفترضة تداخل هذه المنطقة، والتي يبدو أن تخلو من مهمة ترميز البروتين إمكانية (الشكل 1 B). كشفت مقارنات تسلسل الجينوم وكدنا] وتحليل RT-PCR أن معظم tandemly المتكررة جينات C / D snoRNA وأيضا يتم وضع عدة يكرر A و B ضمن الإنترونات (الشكل 1 B). ومن المثير للاهتمام، وAW026953 EST يربط بوضوح "جزء من MEG8 RNA مع 5 '3 نهاية الكتلة الجين snoRNA I. الكتل الأول والثاني يبدو أيضا أن كتب من نفس الوحدة، على النحو الذي اقترحه تسلسل منتج RT-PCR 2 (الشكل 1 B) تداخل هذين النوعين من الجينات snoRNA. مجتمعة، تشير إلى هذا التحليل أن أنواع جديدة من ثلاثة snoRNAs بشر تتم معالجة من وحدة واحدة النسخ التي تتضمن MEG8 غير الترميز الجيني RNA. وأظهر تحليل لطخة الشمالي أجريت على الحمض النووي الريبي مجموع المستخرج من لجنة مكونة من أنسجة الإنسان أن ثلاثة C / D snoRNAs، 14Q (0)، 14Q (I) و14Q (II)، يحمل نفس نمط التعبير الأنسجة محددة. وقد لوحظ أقوى تعبير عن الدماغ والأغشية المخاطية الرحم وإلى حد أقل في القلب، بينما يمكن اكتشافه إلا إشارة باهتة جدا لجميع الأنسجة البشرية الأخرى تحليلها (الشكل 3). تم مقارنة هذا نمط التعبير مع أن من snoRNAs المشفرة في 15q11-Q13. بينما HBII-52 snoRNA الكشف فقط في الدماغ، تم الكشف عن HBII-85 عند مستويات مرتفعة نسبيا في الدماغ والأغشية المخاطية الرحم والكلى وعند مستويات منخفضة في العديد من الأنسجة الأخرى (الشكل 3) (14).

الشكل 3. التعبير الأنسجة محددة من snoRNAs رواية تحليلها بواسطة التهجين الشمالي. مجموع الرنا (5 ميكروغرام / حارة) تم شراؤها من Clontech (الممرات 1-6) أو المستخرجة من أنسجة الإنسان البالغ العادي (الحارات 7 و 8) ومجزأة على 6٪ هلام الأكريلاميد / 7 م اليوريا وتحليلها بواسطة لطخة الشمالية مع 32 P وصفت تحقيقات قليل النوكليوتيد ضد 14q32- أو snoRNAs 15q11q13 المشفرة (انظر المواد وطرق). كما تم استخدام A 5.8S الريباسي مسبار للسيطرة هلام التحميل. M، العلامة DNA.

نص ريان أعربت أمهات في الماوس القاصي 12 كروموسوم بترميز لا يقل عن 9 C / D snoRNAs

Hatada وآخرون. (32) وصفه مؤخرا رواية 5.4 كيلوبايت أعربت أمهات غير ترميز الجين RNA الدماغ محددة، واسمه ريان، الذي يرتبط ارتباطا وثيقا الجينات Gtl2 على القاصي كروموسوم الماوس 12. BLAST البحث في قواعد البيانات N حددت عدة التكنولوجيات السليمة بيئيا الماوس إيجابية للريان (لا تظهر البيانات)، من بينها AK017440 كدنا] إيواء أربعة قطاعات اظهار هوية 100٪ للنسخة ريان. وكشف تحليل تسلسل أن هذه القطاعات من التماثل تتوافق مع الإكسونات (الإكسونات لد)، لأنها توقفت بسبب تسلسل عرض المانحة لصق والتوافق متقبل بصمات intronic عند كلا الطرفين (لا تظهر البيانات؛ الشكل 4 A). وعلاوة على ذلك، كما يعرض AK017440 التماثل مع ماوس contig 43 كيلو بايت لمدة 474407. بواسطة مزيد من التحليل تسلسل، فإننا لا يمكن تحديد داخل AK017440 الإكسونات تقسم إضافية (ط ه)، مما يشير بقوة إلى أن هذا الجين ريان، كما هو موضح في الأصل، قد تمثل RNA العمليات: وسيطة. بشكل ملحوظ، كما يشارك AK017440 كدنا] بعض تسلسل وسمات هيكلية مشتركة مع الفئران فرقة البحث كدنا]. أولا، ريان اكسون ج يعرض٪ هوية 80 إلى الإكسونات E1 المتكررة من فرقة البحث RNA (37) (الشكل 4 A). ثانيا، ريان وفرقة البحث cDNAs كل من المعرض سلسلة اكسون E2 الحفظ (هوية 82٪) تليها مباشرة عنصر المتكررة Lx7 / LINE1. ثالثا، متواليات من فرقة البحث وريان إنترونات مشاركة متشابهة جدا من بعضها البعض (مع اثنين من ~264 و 155 قطاعات الإقليم الشمالي طويلة اظهار 72٪ و٪ 76 الهوية؛ الشكل 4 A). ودفعت هذه السمات المشتركة لنا للبحث عن وجود snoRNAs ذات الصلة RBII-36 داخل الجين ريان. نحن يمكن تحديد تسعة جينات C / D snoRNAs، وكلها إنترون ترميز (الشكل 4 A). والمثير للدهشة، فهي لا تعرض تناظر كبير مع RBII-36، وهي متباينة نسبيا من بعضها البعض (الشكل 4 B). C / D snoRNAs تقع ضمن الإنترونات 3 و 6 تتوافق مع الماوس MBII-426 وMBII-343 snoRNAs، على التوالي، وتتميز في السابق من خلال تحليل مكتبة كدنا] (41). أما بالنسبة الآخر C مطبوع / D snoRNAs، ونحن لا يمكن الكشف عن الأهداف المحتملة RNA الخلوية على أساس التكامل المناسب. ومن المثير للاهتمام، عدة نسخ من الكتلة snoRNA ذات الصلة 426 MBII-343 / المعرض تناظر كبير مع عدة نسخ snoRNA ضمن المجموعة البشرية II، مما يدل على أن snoRNAs Rian- المشفرة قد يكون نظرائهم من القوارض البشري 14Q (II) snoRNAs (الشكل 5 الف باء).

الرقم 4. الماوس أعربت أمهات ريان الجين يشفر تسع ذي صلة C / D snoRNAs. (A) التمثيل التخطيطي للجين ريان (contig 474407)، hemiprocessed ريان RNA (AB063319) كما هو موضح في (32)، تقسم بشكل كامل ريان RNA (AK017440 )، وجين فرقة البحث (AB014883) وتقسم فرقة البحث الرنا كما هو موضح في (37). وصفت الإكسونات من قبل صناديق، إنترونات بواسطة خط أفقي سميكة وsnoRNAs بواسطة شريط عمودي. الإكسونات ريان مماثلة ارتباطا وثيقا المتكررة E1 و E2 فرقة البحث الإكسونات (37 تمتلئ) في الرمادي والأسود، على التوالي. هو الرمز العنصر المتكرر Lx7LINE / L1 في نهاية 3 'من كلا تقسم فرقة البحث وريان الرنا التي كتبها مربع فقست. يتم الرمز سلاسل intron المحفوظة بين الماوس ريان والفئران الجينات فرقة البحث من قبل صناديق المنقطة (البيضاوي الأسود بين يصور عنصر ID المتكررة في فرقة البحث INTRON لم يتم العثور داخل الجين ريان). (B) تسلسل محاذاة جينات C / D snoRNA المشفرة في إنترونات ريان. وتظهر مواقف النوكليوتيدات C / D snoRNAs داخل contig 474407 بين قوسين. الرموز كما في الشكل. 2. -encoded نسب متوسط ​​الهوية لتسلسل إجماع ريان snoRNAs وRBII-36 snoRNA هي 70.6٪ و 88.7٪ على التوالي (وفقا لبرنامج GeneDoc).


الرقم 5. تحديد الجينات C / D snoRNA في الثدييات المكاني الكروموسومات orthologous لالبشري 14q32. (A) موقع الجينومي للC / D snoRNAs في عدة مواضع الثدييات. يتم تمثيل الجينات C / D snoRNA بواسطة أشرطة سوداء العمودية. المواقع النسبية للsnoRNAs داخل BAC AC096504 استنساخ (48 قطعة غير مرتبة) ومواقف الماوس contigs 064202871، 116642 474407 وتم اختيارها بشكل تعسفي. تسلسل تناظر بين القوارض وC البشرية / وتدل D snoRNAs من قبل الخطوط المنقطة (تظهر فقط عدة homologies). ضمن AC096504، وتقع snoRNAs ذات الصلة 19 RBII-78 / في 45772-45843، 46637-46708، 77115-77186 77980-78049 و، RBII-49 في 58٬503-58٬566 وRBII 48 في 37٬220-37٬289. ضمن contig 064202871، وتقع snoRNAs ذات الصلة 19 MBII-78 / في 11698-11764، 12553-12625، 13272-13344، 14137-14209 14747-14819 و. ضمن contig 474407، ويقع MBII 48 snoRNA في 17٬568-17٬637 وMBII-49 في 24٬393-24٬459. لا يتم رسم هذه الرسوم إلى مقياس. (B) تسلسل محاذاة المفترض الثدييات C / D المتماثلات snoRNA من 14Q (0) snoRNA (أعلى)، 14Q (1) snoRNA (وسط) و14Q (II) snoRNA (القاع). الرموز كما في الشكل. 2 A. (C) MBII-48، MBII-49 وغيرها المرافقة C / D snoRNAs كما ترميز إنترون داخل الجين ريان. مواقف النوكليوتيدات الإكسونات داخل contig 474407: (1867-1954)؛ (6656-6730)؛ (8603-8708)؛ (15831-15923)؛ (16949-17012)؛ (19394-19481)؛ (24120-24207)؛ (24969-25016)؛ (26817-26872؟)؛ (27404-28312)؛ (30711-30799)؛ (31629-31714)؛ (32570-32656)؛ (33416-33495)؛ (35843-35980)؛ (37406-37491)؛ (38345-38388)؛ (39610-39678)؛ (41280-41364). اكسون شدد قد تمثل تقسم بدلا من ذلك، snoRNA1 التي تحتوي على المنتج. رموز أخرى كما في التين 1 B و 4 A.

تحديد الإضافي C / D snoRNAs في 6q31 الجرذان والفئران كروموسوم القاصي 12

للحصول على مزيد من المعلومات حول الوضع يطبع من الجينات المشفرة snoRNA في الإنسان 14q32، تم تفتيش مواضع الثدييات orthologous منهجي لوجود المفترضة C / D snoRNAs. خلال هذا العمل، تم إيداع جزء من الفئران فرقة البحث موضع الجيني في بنك الجينات (الانضمام لا. AC096504)؛ 33 نسخ من RBII-36 (الشكل 5 تم الكشف عن) فضلا عن 7 جينات C / D snoRNA أخرى في هذا الجزء. أربعة من هذه ترتبط مع بعضها البعض وعلى غرار التي سبق تحديدها الماوس MBII-19 و MBII-78 snoRNAs (41)، والتي يبدو من المحتمل أن تمثل المتغيرات من نفس النوع snoRNA (لا تظهر البيانات). الآخر الفئران C ثلاثة / الجينات D snoRNA عرض التماثل القوي الماوس C / D snoRNA MBII-48 و MBII-49 (الشكل 5) (41)، وكذلك اهتمام إلى عدة 14Q (I) snoRNA نسخ الجينات البشرية (الشكل . 5 B). من خلال عمليات البحث BLAST، فإننا ثم ركز اهتمامنا على منظمة الجينوم من المتماثلات الماوس. ومن المثير للاهتمام، MBII-48 و MBII-49 snoRNAs كان كلا الكشف داخل contig 474407 تحتوي على الجين ريان (الشكل 5 أ)، بالإضافة إلى عدد آخر من C / D snoRNAs التي ترتبط بشكل أخص لبعض 14Q البشرية (I) نسخ snoRNA (الشكل 5 B). باستخدام البحث BLAT الماوس في http://genome.ucsc.edu/، ونديد الماوس المفترضة من 14Q الإنسان (0) snoRNA (الشكل 5 B) تم الكشف أيضا داخل contig 116642 جزءا لا يتجزأ من داخل المنطقة من التماثل القوي ل MEG8 الإنسان. وأكد 064202871. تحليل PCR لتتميز جزئيا BAC تحتوي على Gtl2 (RP23-60E10) وأخيرا، تم العثور على خمس ذات الصلة C / D snoRNAs، بما في ذلك MBII-19 و MBII-78 snoRNAs أيضا داخل الماوس contig أن هذه الجينات snoRNA يتم ترميز بالفعل من قبل الماوس البعيدة 12 منطقة مطبوع (لا تظهر البيانات). وأظهرت التجارب RT-PCR وتحليل التكنولوجيات السليمة بيئيا الماوس تداخل الجينات الماوس snoRNA أن MBII-48، MBII-49 وغيرها المرافقة C / D snoRNAs كما إنترون ترميز ومعالجة من نص مرتبطة فعليا إلى ريان RNA (الشكل 5 C ). العديد من هذه الجينات القوارض snoRNA تحتوي على واحد أو اثنين من التبديلات قاعدة داخل الزخارف C / D (الشكل 5 B)، وربما يمكن أن تكون غير مستقرة أو غير وظيفية. واتساقا مع ذلك، كان تعبيرا عن العديد منهم لا يمكن الكشف عنها على لطخة الشمالية (لا تظهر البيانات).

ومطبوع على C الدماغ محددة / D snoRNAs في الماوس

ويظهر تحليل الشمالي لطخة من الحمض النووي الريبي مجموع المستخرج من الأنسجة الماوس الكبار أن جميع الماوس C / D snoRNAs الموجود في كروموسوم الماوس البعيدة 12 يتم التعبير فقط داخل الدماغ. وتشمل هذه MBII-19، MBII-343 وMBII-426، والتي أبلغ عنها سابقا بتواجد مطلق أعرب، ربما نتيجة التحقيق عبر التهجين (الشكل 6 أ) (41). كما تم دراسة مستويات التعبير عن C / D snoRNAs في كروموسوم الماوس البعيدة 12 أثناء نمو المخ. (الشكل تحليل لطخة الشمالي يؤديها في مراحل النمو المختلفة 6 B) اظهرت ان جميع C / D snoRNAs الموجود في كروموسوم القاصي 12 يتم التعبير داخل الجنين (E11-E15)، الوليد (أيام بعد الولادة P0-P7) والكبار. أثناء تطور الجنين في الدماغ، ومستوى snoRNA التعبير ثابتا تقريبا أو زيادة طفيفة. هذا النمط التنموي التعبير يختلف كثيرا عن تلك التي لوحظت لMBII-52 وMBII-85 snoRNAs (المشفرة في كروموسوم 7C)، التي يتم التعبير عنها بشكل سيئ للغاية بين E11 E15 ولكن upregulated للغاية بعد الولادة.

الرقم 6. C / D الجينات snoRNA المشفرة في كروموسوم الماوس البعيدة 12 هي الدماغ محددة وأعربت فقط من الكروموسومات الأمهات. تم تحميل كل حارة مع 10 ميكروغرام من إجمالي الرنا المستخرجة من مختلف الأنسجة الماوس الكبار على النحو المحدد في الجزء العلوي من كل حارة في (A)، أو من تطوير أجنة الفئران (E11-E15) والوليد (P0-P7) أو العقول الكبار في (B)، أو من الأجنة (E15.5) مع إما الأم أو الأب disomy أحد الأبوين لكروموسوم 12 (matUPD12 وpatUPD12، على التوالي (55)) في (C). كانت مجزأة العينات على 6٪ الأكريلاميد / 7 م اليوريا هلام وتحليلها بواسطة لطخة الشمالية مع 32 تحقيقات قليل النوكليوتيد ف المسمى (انظر المواد وطرق). ولقد تم استخدام 5.8S الريباسي مسبار عن السيطرة هلام التحميل. وتم قياس كمية شدة إشارة (نسبة snoRNA / 5.8S الريباسي إشارة) مع تصوير فوجي-بس-1000. M، العلامة DNA.

نحن بعد ذلك فحص ما إذا كانت C / D snoRNAs تعرضوا ليطبع الجينومية كما تنبأ عن الجينات المشفرة ضمن هذا الفأر القاصي كروموسوم 12 منطقة. كما هو مبين في الشكل 6 C والأجنة E15.5 مع اثنين من الكروموزومات الأمهات 12 (matUPD12) تعبر عن جميع C / D snoRNAs تحليلها. وعلاوة على ذلك، بالنسبة لمعظمها، ومستوى التعبير هو تقريبا ضعف ما ينظر للأجنة طبيعية على النحو الذي يحدده الكمي للإشارة التهجين (لا تظهر البيانات). على العكس من ذلك، تم الكشف عن أي من تلك snoRNAs في الحمض النووي الريبي مجموع المستخرج من الأجنة وجود اثنين من الكروموسومات الأبوية 12 (patUPD12)، وتبين أن كل هذه الجينات snoRNA ومطبوع وأعرب فقط من أليل الأمهات. كعنصر تحكم، ونحن أيضا فحص التعبير عن اثنين C / D snoRNAs تقع في 7C. كما هو متوقع، فإنها لم تتأثر في UPD12 الأجنة.

مناقشة

منظمة الجينومي المقارن والتعبير عن C / D snoRNAs في الإنسان 15q11-Q13 (الماوس 7C) و14q32 (الماوس القاصي 12)

مطبوع DLK1 / GTL2 وIGF2 / H19 المجالات في الإنسان 14q32 و11p15.5، على التوالي، يبدو أن مشاركة العديد من الميزات الجينومية وجينية التي يمكن أن تشارك في تنظيم هذه الأزواج اثنين من الجينات مطبوع على أساس المعاملة بالمثل (3، 35، 36، 39 ، 40، 42). في هذا العمل، وكرر tandemly متعددة الجينات C / D snoRNA في الإنسان مطبوع 14q32 وفي منطقتها orthologous على الماوس القاصي 12 كروموسوم تم تحديدها. هذه C / D snoRNAs لديهم تنظيم الجينات تذكر لافت للنظر من أن ذكرت سابقا لPWS / AS المنطقة (14 - 16) (الشكل 1 والجدول 1). في الواقع، وتتميز كل من مواضع مطبوع من قبل وحدة النسخ معقدة تمتد صفائف المشفرة tandemly C / الجينات D snoRNA، مما أدى إلى طائفة من تقسم بدلا من الرنا غير المكودة، وتتألف في معظمها من الإكسونات قصيرة المتكررة التي لم يتم حفظها بين القوارض البشرية و . تظهر كافة C ترميز 14q32 / D snoRNAs التي يمكن جنيها من وحدة النسخ الفريدة التي تشمل MEG8، على غرار C PWS ترميز / D snoRNA (21) (الشكل 1 B). ومع ذلك، على الرغم من المنظمات الجينات المرتبطة بها، ومواضع اثنين تختلف في كل نمط snoRNA التعبير وميزات الجينومية حول جينات المضيف snoRNA. في حين أن الأنواع الثلاثة المختلفة snoRNA المشفرة في الإنسان 14q32 لها نفس نمط التعبير الأنسجة محددة، وأنماط التعبير من HBII-52 وHBII-85 snoRNAs في PWS / AS المنطقة تختلف كثيرا عن بعضها البعض (الشكل 3). منذ يتم إنتاج snoRNAs PWS ترميز من النسخة الأولية نفسه (21)، وهذا قد يعكس الدماغ محددة تجهيز الفرق من الجزء القاصي أكثر من المضيف نسخة SNRPN-SNURF -snoRNA. على عكس snoRNAs بشر، عن الماوس القاصي 12 المشفرة-C / تم الكشف عن D snoRNAs أساسا داخل المخ، ومستوى التعبير هو متغير وفقا لأنواع snoRNA - ولكن دائما أقل من تلك التي snoRNAs 7C المشفرة، التي تعد من بين الأكثر وفرة C / D snoRNA داخل الدماغ (37، 41). يتم التعبير عن الماوس 7C المشفرة-C / snoRNAs D في الغالب في الكبار من أليل الأب (الشكل 6 B) (14)، في حين كتب الماوس البعيدة 12 snoRNAs من أليل الأمهات وأعرب خلال تطور الدماغ (الشكل 6 B، C). جينات المضيف snoRNA في 14q32 وعلى PWS / AS مجال تختلف بشكل كبير في محتواها من القواسم المشتركة تتخللها يكرر وتكوين قاعدة الإجمالي (الجدول 1). في كلتا الحالتين، لوحظ انتقال حاد في محتوى G + C عند حدود الكتل snoRNA الموافق زيادة مذهلة (14q32) أو نقصان (15q11q13) في تسلسل المرافقة (الشكل 7). قد يعكس التعبير الوالدين المتبادل للمجموعات snoRNA الجينات فيما يتعلق مضمونها G + C للصيانة تطورية أو وظيفة المناطق snoRNA بطرق غير مفهومة حتى الآن.

الرقم 7. DNA isochores تظهر الاختلافات في محتوى G + C داخل وحول التجمعات الجينات snoRNA في اثنين الإنسان مطبوع 15q11q13 و14q32 مواضع. في PWS / AS المنطقة، وأعرب أبويا الجينات snoRNA تكمن داخل (G + C) الغنية البيئة، بينما في 14q32 توجد جينات snoRNA أعربت أمهات ضمن (A + T) الغنية البيئة. يتم إعطاء أرقام انضمام تسلسل في قوس والموقف النسبي للجينات مطبوع (محاصر) وschematized.

C / D وظيفة snoRNA والتباعد التطوري

أدلة مثيلة هي جزيئات القديمة التطورية (الكشف على حد سواء في العتائق والخلايا حقيقية النواة) المطلوبة لتعديل لوحة كبيرة من الرنا الخلوية، بما في ذلك الرنا الريباسي (rRNAs) والرنا نووية صغيرة (snRNAs) (20)، tRNAs (43)، وربما من mRNAs ( 14). وC / D snoRNAs التعرف على اثنين من مواضع مطبوع تحيد عن غيرها من أدلة الحامض الثدييات المعروفة من قبل التعبير الأنسجة الخاصة بها (الشكلان 3 و 6 A). وعلاوة على ذلك، وعلى النقيض من معظم الآخرين C / D snoRNAs، لم ترد أي إحصائية التكامل كبير لالريباسي أو U snRNA داخل snoRNAs من مواضع مطبوع. كان HBII-52 الاستثناء الوحيد لهذا (14). توصيف الرنا الخلوية يحتمل أن تكون مستهدفة من قبل هذه C مطبوع / D snoRNAs يمثل تحديا جديرة بالاهتمام، ومنذ ذلك الحين تم اقتراح عدم وجود HBII-85 snoRNA التعبير للمساهمة في الظواهر PWS (44). على الرغم من أن الإنسان (MEG8)، والماوس (ريان) والفئران (BSR) snoRNA الجينات المضيفة تتقاسم توطين المادي المشترك، لا يتم الحفظ جدا تسلسل الحمض النووي، على غرار الجينات المضيف الإنسان والفأر في PWS / AS المنطقة (14 - 16). ومع ذلك، وعلى النقيض من PWS ترميز نسخ الجين snoRNA التي نسبيا المحفوظة جيدا بين بعضها البعض، -encoded للريان الماوس snoRNA نسخ الجينات، وأيضا إلى حد ما 14Q البشرية (I) و14Q (II) snoRNAs، هي إلى حد أكثر متباينة عن بعضها الآخر (التين 2 ألف و 4 B والجدول 1). عدم وجود ضغط قوي على اختيار شرائح تسلسل snoRNA المنبع من D / D 'بين الثدييات أو حتى بين النسخ snoRNA داخل الكتلة الجينات نفسها قد توحي بأن هذه C مطبوع / D snoRNAs تتطور بسرعة الجزيئات مع أهداف RNA المحتملة متعددة. بدلا من ذلك، وهذا قد يعزز فرضية أنها تمنح وظيفة تنظيمية الجينومية بدلا من البديل الموصوفة سابقا ظائف snoRNA (انظر أدناه).

الجدول 1. الجينات مطبوع snoRNA في الإنسان 15q11q13 و14q32 مواضع
وحسب تعريف برنامج GeneDoc.
ب وحدة تكرار تغطي snoRNA الجينات HBII-52 يحتوي على اثنين من الإكسونات المتكررة مختلفة. قيم جينوم الإنسان كاملة (57 ترد) بين قوسين.

كرر Tandemly C / D snoRNAs ويطبع

ومن المثير للاهتمام، و-3 5''الجذعية محطة معظم tandemly تكرار snoRNAs في 15q11q13 و14q32 مواضع المعرض تسلسل مماثل (الشكل 2 ألف والجدول 1) لا يشاركه فيها أي snoRNA أخرى بين عشرات بتواجد مطلق أعرب، وعدم C المتكررة / ذكرت D snoRNAs للثدييات (18، 41، 45). هذا يمكن أن يشير إلى أن الرواية snoRNAs المتكررة tandemly على اثنين من مواضع مطبوع كلها تطورت من سلف مشترك snoRNA الجينات أثناء تطور الثدييات. وقد اقترح العديد من الملاحظات التي جينات C / D snoRNA قد تمثل العناصر الوراثية المتنقلة (46، 47). وtandemly المتكررة صفائف snoRNA قد يؤدي بشكل جيد من retrotransposition من الجين snoRNA إلى إنترون تليها الازدواجية جنبا إلى جنب من إنترون والمرافقة اكسون. جيل من صفائف snoRNA المتكررة قد حدثت بعد إنشاء مركز مطبوع من هذه المكاني، مجرد يعكس حقيقة أنها تمثل "النقاط الساخنة" للأحداث التكامل DNA في سلالة الجرثومية، فيما يتعلق بنية الكروماتين معين. بدلا من ذلك، يمكن حدوثها قد سبقت يطبع وحتى لعبت دورا في إنشائها وصيانتها.
العديد من مواضع مطبوع تؤوي غير الترميز الرنا وجود تعبير مطبوع عكس ذلك من ربط الجينات المكودة للبروتين على نفس الكروموسومات، مما يزيد من احتمال وجود دور لهذه الرنا في إسكات (3، +27 - 29). ولذلك يمكن أن تشارك C / D snoRNA النصوص المضيف الجين في تنظيم الجينات، وربما بطريقة مماثلة لتلك التي من الرنا الكروموسومات الأخرى المشاركة في تعويض الجرعة أو مثل الهواء RNA، في تنظيم الجينات مطبوع في الماوس كروموسوم 17 (48، 49). ومع ذلك، لا يبدو أن الجينات snoRNA في 15q11q13 للعب دور محوري في عملية جينية، لأن الحذف الأب من Snrpn إلى الجين Ube3A في الماوس لا يؤثر على الوضع مطبوع من ان.دي.ان الجينات المنبع (50). بدلا من ذلك، وقد اقترح أن النسخ في الجزء الأقصى من المضيف الجينات snoRNA قد إسكات في رابطة الدول المستقلة وUbe3A التعبير الأب، إما عن طريق آليات العقاقير RNA أو عن طريق تغيير بنية الكروماتين المحلي (+21 - +23). سواء C / D snoRNA جينات المضيف في 14q32 أيضا التحكم في التعبير عن الجينات مطبوع المجاورة هو فرضية الجذابة التي يمكن اختبارها باستخدام نماذج الماوس.
وأخيرا، فمن الممكن أن وجود هذه snoRNAs يعكس وظيفة الدماغ محددة لهذه الجينات مطبوع. وPWS وAS المكاني، الذي يسبب اضطرابات عصبية واضحة، ترتبط إلى مكان يحتوي على snoRNAs. BWS (المرتبطة الكتلة مطبوع على 11p15.5، حيث لوحظ أي snoRNAs حتى الآن) هي متلازمة فرط جسدية مع عدم وجود دليل على مشاكل عصبية. ويرتبط يطبع الشاذة على الصبغي 14 مع كل من النمو والتشوهات العصبية في mUPD14 وpUPD14 الأفراد. في سن البلوغ المبكر المعرض السابق وهي من تأخر في النمو، في حين أن المرضى pUPD14 يكون عيوب في الهيكل العظمي المحوري والتخلف العقلي (+51 - +53). ومن المغري لجعل الجمعيات وظيفية بين منظمات نمو التنموية على الصبغي 11P وعلى 14Q، وبين الجينات snoRNA العصبية المحددة على الصبغي 15q وعلى 14Q.
في الختام، لقد أظهرنا أن موضع مطبوع الثاني في البشر، 14q32، بالإضافة إلى ذكر سابقا 15q11q13، بترميز صفائف تكرار tandemly C / الجينات D snoRNA، وأن هذه الميزة البارزة للمكان يتم حفظها في القوارض البشرية و. لقد فقط تم الكشف snoRNAs مطبوع ضمن الثدييات eutherian حتى الآن (15، 37). وبالنظر إلى أن يطبع الجينومية قد تقتصر على الجرابيات والثدييات المشيمية (54)، تحليل تسلسل مفصل للorthologous 14q32 و15q11q13 مواضع في الثدييات غير eutherian جنبا إلى جنب مع عمليات البحث تسلسل منهجي من مجموعة كبيرة من مواضع مطبوع في جينوم الثدييات ينبغي توفير مزيد من كررت التبصر في الأهمية المحتملة لهذه الجمعية المثيرة للاهتمام بين يطبع الجينومية وجود هذه tandemly غير عادي الجينات snoRNA.

المواد والأساليب

[أليغنوكليوتيد

كان كل توليفها من قبل هذه Y. دي بريفال (LBME، تولوز) على جهاز PerSeptive النظم البيولوجية تسرع. 14Q (0): 5'-GACCTCAGTGTTTTGTGCAGAAC-3؛ 14Q (I): 5'-TGGACCTCAGAGTTCCAGACACGTATTCA-3؛ 14 (II): TGATTCAGAC / TACCCCAG / CG / AG / ATACTCATC-3؛ MBII-48: 5'-ATAAGGGTTTAATCACTGTCCT CGGTCA-3؛ MBII-49: 5'-AATCCAGTATGTTGTCATCGTCTATG-3؛ MBII-19: 5'-CAGACATCTG TTCTCATGGCT-3؛ MBII-78: 5'-ACCTCAGATATCTGTTCATGTCA-3؛ MBII-52: 5'-CTGACGTAATCCTATTGAGCAT. MBII-85: 5'-ACAGAGTTTTCACTCATTTTGTTC-3؛ MBII-343: 5'-TCTCAG ACTTCCAGACATGTACT-3؛ MBII-426: 5'-TGATCTCAGAATTAAATTTGTCG-3، 5 'RT-PCR-2: 5'-CGCGGATCCGACGAGATTGGATTTGGTCATTTCC-3؛ 3 'RT-PCR-2: 5'-CCGGAATTCCAGGCTCCTACCCAGAGGCAACTG-3؛ 3 'RT-PCR1: 5'-CGCGGATCCTATTTGTCTCTATGCTCCTTACTC-3؛ 5 "RT-PCR1: 5'-GCGGAATTCTACATGGATCCCACTTTGGACAAAG-3؛ 5 "RT-PCR3: 5'-GCGGAAT- TCTGGATGCAATGAGCTGATCA-3؛ 3 'RT-PCR3: 5'-CGCGGATCCTGAGGCTCACAGAGGACGGCAG-3؛ 5 "RT-PCR4: 5'-CCGGAATTCGGATGGTTACTGTCTGAGACTGAG-3؛ 3 'RT-PCR4: 5'-CCGGAATTCTCATCTATCCTCCTGACTCAGGAC-3؛ 5 "RT-PCR5: 5'-CCGGAATTCTTGCATGCAAGCTCTACAGTTATGC-3؛ 3 'RT-PCR5: 5'-CCGGAATTCAGCTGCCGAGCTCCATCCACATGGT-3؛ 5 'MBII-19/78 كتلة: 5'-GGCTTTGATCCTT-CGGTTGGA-3؛ 3 'MBII-19/78 كتلة: 5'-CCCTTCT GCTCCAAGTTTGCCTA-3 ".

البحث عن tandemly تكرار C / D snoRNAs وتحليل تسلسل

وقد تم انتشال تسلسل BAC حول مواقع DLK1 / GTL2 من مشروع الجينوم البشري العامل مشروع (http://genome.ucsc.edu/)، تطهير للمشترك يتخلل يكرر باستخدام كرر المقنع (HTTP: //repeatmasker.genome واشنطن. ايدو / المجموعة الاستشارية لاندونيسيا بن / RepeatMasker) ومقارنة منهجية مع أنفسهم عن طريق تحليل dotplot أجرته PipMaker (http://bio.cse.psu.edu/). وقد تم الكشف عن C / D snoRNA تشبه سلاسل ويكرر أخرى في وقت لاحق من قبل BLAST2 تسلسل (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/bl2seq/bl2.html). وقد تم تحديد الجزر الدليل السياسي الشامل وفقا لمشروع الجينوم البشري العامل مشروع شروحه. وقد تم الحصول على تسلسل المحاذاة إما عن طريق كلوستال W (http://clustalw.genome.ad.jp/) أو MultiAlin (HTTP: // prodes toulouse.inra.fr/multalin/multalin.html)، وكانت النيوكليوتيدات الحفظ تظلله GeneDoc (HTTP: // شبكة الاتصالات العالمية Cris.com/~ketchup/genedoc.shtml). وقد تم إجراء تحليل DNA isochores باستخدام Isochore (EMBOSS) في http://bioweb.pasteur.fr/seqanal/interfaces/isochore.html.

الفئران مع matUPD12 وpatUPD12

تم إنشاء الأجنة E15.5 مع matUPD12 وpatUPD12 وتتزاحم الضابطة التي كتبها intercrossing الحيوانات الأم لاثنين من خلفيات وراثية مختلفة التي كانت الزيجوت مزدوجة لنقل المواقع روبرتسوني مع التماثل monobrachial لكروموسوم 12، كما هو موضح سابقا (55).

عزل الحمض النووي الريبي وتحليل لطخة الشمالي

تم عزل الحمض النووي الريبي مجموع من خلال طريقة Chomczynski وساكي (56)، وتكييفها مع الظروف على النحو التالي. الأنسجة القوارض الطازجة وفقا لمبادئ توجيهية الفرنسية HO المؤسسية والمملكة المتحدة جمدت بسرعة في النيتروجين السائل وتخزينها في -80 ° C. وكانت العينات المجمدة ثم المتجانس ومعلق في 1: 1 (المجلد: المجلد) خليط من (ط) 4 م guanidinium ثيوسيانات، 25 م سترات م الصوديوم (7.0 درجة الحموضة)، 0.5٪ Sarkosyl 0.1 م 2 المركابتويثانول و (ب) المياه الفينول -saturated. ثم أضيف هذا الخليط مع خلات الصوديوم (الرقم الهيدروجيني 4.0) إلى 0.1 متر. كانت مختلطة المحللة مع 0.1 حجم الكلوروفورم، بقوة vortexed وحضنت لمدة 10-15 دقيقة في درجة حرارة الغرفة. وقد عجلت RNA مع 2 حجم الإيثانول وتخزينها في -20 ° C. كانت مجزأة الرنا التي كتبها الكهربائي في 6٪ المواد الهلامية الأكريلاميد-7 م اليوريا، ونقل electrophoretically (120 دقيقة في 0.5 × TBE عند 1.0 A) إلى غشاء نايلون (Hybond N +، أمرشام) وcrosslinked بواسطة أشعة فوق البنفسجية (1200 J / سم 2، Stratalinker، Stratagene، لا جولا، كاليفورنيا). أجريت التهجين وصمة عار الشمالية في وجود 5'نهاية 32 ف المسمى oligodeoxynucleotide التحقيق (500 000 نسخة في الدقيقة / مل) من خلال الحضانة بين عشية وضحاها في 50 درجة مئوية في 5 × SSPE، 1٪ SDS، 5 × دينهارت، على بعد 150 ميكروغرام / مل الحمض الريبي النووي النقال الخميرة. وجرفت المياه الأغشية مرتين لمدة 15 دقيقة في درجة حرارة الغرفة في 0.1 × SSPE / 0.1٪ SDS.

RT-PCR وكدنا] يستنسخ

عشرة ميكروغرام من الحمض النووي الريبي مجموع البشرية أو مخ الفأر وكتب العكسية في 42 درجة مئوية لمدة 120 دقيقة، وذلك باستخدام مرتفع II (GIBCO BRL) مع الاشعال مسدوس عشوائية و1/40 من المنتجات كدنا] تضخيم بنسبة 40 دورات PCR مع طق البلمرة (PROMEGA ). المنتج PCR المستنسخة في في pGEM-T I نظام سهل ناقلات (PROMEGA) وIMAGE التكنولوجيات السليمة بيئيا استنساخ (T85042، AW026953، BF055187، AA451995، AA861571، AA910544، AA680166، AA910544 وAA433836) التي قدمتها المملكة المتحدة HGMP RC (HTTP: // شبكة الاتصالات العالمية .hgmp.mrc.ac.uk /) تم متسلسلة من قبل نظام تحليل DNA CEQ 2000 (بيكمان).

شكر وتقدير

نشكر A. Hüttenhofer لإجراء مناقشات مفيدة في جميع أنحاء هذا العمل وC. Gaspin وP. Thebault للمساعدة في استخدام تحليل تسلسل التركيبات الناعمة. كما نشكر N. جوزيف لتقديم المساعدة التقنية في تسلسل الحمض النووي وY. دي بريفال لتخليق النوكليوتيد (IEFG 109). ونحن ممتنون لنيل Youngson وشاو بينغ لين للتعليق على المخطوطة. وأيد هذا العمل من جانب صناديق المختبرات من المركز الوطني الفرنسي للبحث العلمي وجامعة بول-ساباتتيه، تولوز، والمنح المقدمة من تولوز Genopole / القطب سانتيه (لJPB)، من La الدوري الفرنسي مناهضة للسرطان / COMITE دي هوت غارون ( لJC) ومن مجلس البحوث الطبية في المملكة المتحدة (لACFS).

ملاحظات

  • * لمن ينبغي أن تعالج المراسلات. هاتف: +33 5 61335934؛ فاكس: +33 5 61335886؛ البريد الإلكتروني: cavaille {في} ibcg.biotoul.fr
    المراسلات يمكن أيضا أن تكون موجهة إلى J.-P. Bachellerie.

المراجع

  • تيلغمان، SM (1999) خطايا الآباء والأمهات: يطبع الجينومية في التنمية الثدييات الخليوي، 96، 185 -193.
    CROSSREF ميدلاين ويب للعلوم
  • ريك، W. والتر، J. (2001) يطبع الجينومية: تأثير الوالدين على الجينوم نات. القس جينيه.، 2، 21 -32.
    CROSSREF ميدلاين ويب للعلوم
  • فيرغسون سميث، AC والصوراني، MA (2001) يطبع والتباين الجيني بين الوالدين الجينوم. العلوم، 293، 1086 -1089.
    الملخص / الحرة النص الكامل
  • بولسن، M. وفيرغسون سميث، AC (2001) الحامض النووي في يطبع الجيني، والتنمية، والمرض. J. Pathol.، 195، 97 -110.
    CROSSREF ميدلاين ويب للعلوم
  • زابو، P.، تانغ، SH، Rentsendorj، A.، فايفر، GP ومان، JR (2000) آثار أقدام الأمهات محددة في مواقع CTCF المفترضة في المنطقة السيطرة H19 يطبع تعطي الدليل على وظيفة عازل. داء. بيول، 10، 607 -610.
    CROSSREF ميدلاين
  • الجرس، AC وFelsenfeld، G. (2000) مثيلة من وتعتمد على CTCF الضوابط الحدودية مطبوع التعبير عن الجينات Igf2. الطبيعة، 405، 482 -485.
    CROSSREF ميدلاين ويب للعلوم
  • أصغ، AT، Schoenherr، CJ، كاتز، DJ، انجرام، RS، Levorse، JM وتيلغمان، SM يتوسط (2000) CTCF حساسة للمثيلة النشاط في H19 / Igf2 مكان. الطبيعة، 405، 486 -489 حجب محسن.
    CROSSREF ميدلاين ويب للعلوم
  • Kanduri، C.، بانت، V.، Loukinov، D.، Pugacheva، E.، تشى، CF، Wolffe، A.، أولسون، R. وLobanenkov، VV (2000) جمعية الوظيفية للCTCF مع عازل من المنبع H19 الجين هو الأصل المنشأ محددة وحساسة للمثيلة. داء. بيول، 10، 853 -856.
    CROSSREF ميدلاين ويب للعلوم
  • نيكولز، RD ونيبر، JL (2001) منظمة الجينوم، وظيفة، ويطبع في برادر ويلي والمتلازمات Angelman. أنو. القس الجينوم هوم. جينيه.، 2، 153 -175.
    CROSSREF ميدلاين ويب للعلوم
  • Buiting، K.، Saitoh، S.، غروس، S.، ديتريتش، B.، شوارتز، S.، نيكولز، RD وHorsthemke، B. (1995) microdeletions الموروثة في Angelman والمتلازمات برادر ويلي تعريف مركز يطبع على الكروموسوم البشري 15. نات. جينيه، 9، 395 -400.
    CROSSREF ميدلاين ويب للعلوم
  • ساتكليف، JS، ناكاو، M.، مسيحي، S.، Orstavik، KH، Tommerup، N.، ليدبيتر، DH وBeaudet، AL (1994) الحذف من جزيرة الدليل السياسي الشامل مميثل تفاضلي في الجين SNRPN تحدد منطقة السيطرة يطبع المفترضة . نات. جينيه، 8، 52 -58.
    CROSSREF ميدلاين ويب للعلوم
  • شيمر، R.، هيرشكو، AY، بيرك، J.، Mostoslavsky، R.، Tsuberi، B.، أرز، H.، Buiting، K. ورزين، A. (2000) مربع يطبع من برادر ويلي / مجال متلازمة أنجلمان. نات. جينيه.، 26، 440 -443.
    CROSSREF ميدلاين ويب للعلوم
  • بن Porath، I. والأرز، H. (2000) يطبع: التركيز على مركز داء. أوبان. جينيه. ديف.، 10، 550 -554.
    CROSSREF ميدلاين ويب للعلوم
  • Cavaille، J.، Buiting، K.، Kiefmann، M.، للند، M.، برانان، CI، Horsthemke، B.، Bachellerie، JP، Brosius، J. وHuttenhofer، A. (2000) تحديد الدماغ محددة ومطبوع الجينات الصغيرة RNA نويي نستعرض منظمة الجينوم غير عادية. بروك. Natl أكاد. الخيال العلمي. الولايات المتحدة الأمريكية، 97، 14311 -14316.
    الملخص / الحرة النص الكامل
  • دي لوس سانتوس، T.، شفايتزر، J.، ريس، CA وفرانك، U. (2000) الصغيرة RNA الحفظ تطويريا، تشبه C مربع / D RNA نويي صغيرة، وكتب من PWCR1، وهو مطبوع الجينات رواية في Prader- المنطقة الحذف ويلي، وهو ما يعبر عنه بشكل كبير في الدماغ. آم. J. هوم. جينيه.، 67، 1067 -1082.
    CROSSREF ميدلاين ويب للعلوم
  • ميغورو، M.، Mitsuya، K.، نومورا، N.، Kohda، M.، كاشيواغي، A.، Nishigaki، R.، يوشيوكا، H.، ناكاو، M.، اويشي، M. وOshimura، M. ( 2001) تقييم نطاق واسع من الوضع يطبع في المنطقة متلازمة برادر ويلي: لتكرار مجموعة مباشرة مطبوع تشبه جينات صغيرة RNA نويي هوم. مول. جينيه.، 10، 383 -394.
    الملخص / الحرة النص الكامل
  • Filipowicz، W. (2000) مطبوع التعبير من الرنا نويي صغيرة في الدماغ: الوقت لRNomics بروك. Natl أكاد. الخيال العلمي. الولايات المتحدة الأمريكية، 97، 14035 -14037.
    مجانا النص الكامل
  • قبلة لازلو، Z.، هنري، Y.، Bachellerie، JP، Caizergues-فيرير، M. وقبلة، T. مثيلة الريبوز (1996) موقع معين من الحمض النووي الريبي preribosomal: وظيفة جديدة لالرنا نويي صغيرة الخليوي، 85 ، 1077 -1088.
    CROSSREF ميدلاين ويب للعلوم
  • Cavaille، J.، Nicoloso، M. وBachellerie، JP (1996) المستهدفة الريبوز مثيلة الحمض النووي الريبي في الجسم الحي إخراج أدلة RNA العقاقير المصممة. الطبيعة، 383، 732 -735.
    CROSSREF ميدلاين
  • قبلة، T. (2001) نويي الموجهة RNA تعديل ما بعد النسخي صغيرة من الرنا الخلوية. EMBO J.، 20، 3617 -3622.
    مجانا النص الكامل
  • Runte، M.، Huttenhofer، A.، غروس، S.، Kiefmann، M.، Horsthemke، B. وBuiting، K. (2001) ونسخة IC-SNURF-SNRPN بمثابة المضيف للأنواع RNA نويي صغيرة متعددة و باعتبارها RNA العقاقير لUBE3A. همهمة. مول. جينيه.، 1

 

__________________
استشارى الادوية الطبيعيه وباحث وخبير فى علاجات التوحد
رد مع اقتباس